La Casa de la Ciudad se inauguró el 17 de enero de 2004 mediante un convenio entre el municipio de Oaxaca y la Fundación Alfredo Harp Helú Oaxaca, aportando el municipio el edificio histórico y la FAHHO la operación del mismo.
Convencidas las partes de la necesidad de un centro dedicado al estudio y análisis de la ciudad, a la concienciación de sus ciudadanos en cuanto al valor de su contorno urbano y a la promoción de una ciudad limpia, humana y sana, se fundó este instituto.
La Casa de la Ciudad es un espacio abierto al público en general, donde cada quien puede encontrar información sobre el origen, el desarrollo y la conservación del centro histórico de Oaxaca. Sirve como foro constante para el análisis del desarrollo urbano actual y su impacto en el centro histórico.
Difunde los valores de la Arquitectura y del Urbanismo Histórico y busca una participación más activa de la sociedad civil en la protección, revitalización y renovación de este patrimonio en base al marco legal jurídico vigente.
Recopila documentación diversa para formar una memoria de la ciudad a la disposición del público en general, genera investigación sobre aspectos históricos de la ciudad y apoya el desarrollo de proyectos de mejoramiento por parte de la sociedad civil.
De especial interés son los temas urbanos generales como el agua, la basura, el crecimiento, el tráfico y otros que abarcan la ciudad en su totalidad y que determinan su calidad de vida.
Defiende el desarrollo de una ciudad humana y sustentable, económicamente justa y ambientalmente sana.